امام خمینی (س) همواره خواهان همزیستی مسالمت آمیز با دیگر کشورها بود و چند روز پس از آغاز جنگ تحمیلی در ۱۷ / ۷ / ۱۳۵۹ ملت ایران را به پیروی از اسلام، مخالف با جنگ و خواهان صلح و آرامش برای همه کشورها خواند؛ اما از سوی دیگر، حمله عراق به ایران را تجاوز دانست و مقابله ایران با دشمن را دفاع مقدس نامید ایشان عراق را آغازگر جنگ شمرد و تأکید کرد ایران به یک وجب از خاک این کشور تعدی نکرده است ایشان همواره تأکید می کرد ایران از حقوق اسلامی و انسانی خود دفاع می کند اسناد گویا و اعتراف های صریح مقامات عراقی نیز درستی متجاوزبودن عراق را اثبات می کرد.

امام خمینی (س) بر دوستی با مردم عراق تأکید داشت و عراق را یک کشور اسلامی مرکز تشیع و مرکز ائمه اهل بیت(ع) و اولیای خداوند و همانند ایران مورد علاقه خود و مردم ایران می دانست؛ اما ضمن نامشروع خواندن نظام بعثی حاکم بر آن، مقابله آن رژیم با ایران را مقابله با قرآن و رسول الله(ص)، تقابل اسلام و کفر و رویارویی خدا و طاغوت خواند. جنگ حق و باطل و نبرد ارزش های اعتقادی، انقلابی و مقابله ایران با ستم از دیگر تعبیرهای ایشان دربارهٔ جنگ تحمیلی بود. ایشان همچنین جنگ را دفاع ایران از خود شمرد. و جوانان رزمنده را نیروهای امام زمان (ع) و جبهه ها را همانند مسجد می دانست و بر این باور بود که مردم در جبهه ها سنگرهایشان را به صورت مسجد درآورده اند ایشان پاداش رزمندگان عاشق اسلام را همانند پاداش مجاهدان صدر اسلام در جنگ های بدر و احد و خندق شمرد و در پایان نیز از خداوند خواست وی را در کنار شهدای جنگ تحمیلی بپذیرد.

از سوی دیگر، از ماه های آغاز تهاجم عراق به ایران، هیئت حُسن نیت کنفرانس سران کشورهای اسلامی برای پایان دادن به جنگ ایران و عراق اعلام آمادگی و پیشنهادهایی نیز دراین باره ارائه کرد؛ اما به دلیل عدم توجه به قرارداد ۱۹۷۵ الجزایر و تصریح نکردن به متجاوزبودن عراق و تنبیه متجاوز و خروج بدون قید و شرط عراق از خاک ایران، امام خمینی (س) و دولت ایران با آن موافقت نکردند. صدام حسین نیز پیش از فتح خرمشهر از پذیرش هیئت های صلح ناخرسند بود و بر راه این هیئت مانع ایجاد می کرد؛ حتی هواپیمای وزیر خارجه الجزایر که به این منظور به بغداد سفر می کرد؛ به دست عراقی ها سرنگون شد. امام خمینی (س) بر اساس آیات قرآن کریم به میانجی گران پیشنهاد کرد قرآن را حَکَم قرار دهند و به هدف بازگشت متجاوز، به حکم خدا و عدالت با صدام حسین بجنگند ایشان برای خاتمه جنگ شرایطی را مطرح کرد؛ تعیین و معرفی متجاوز، جبران خسارت های وارده به ایران، خروج عراق از خاک ایران و پذیرش جرم و تجاوز در صحنه سیاسی، از آن جمله بود. از نگاه ایشان بدون پذیرش این شرایط صلح با عراق باعث افزایش جسارت متجاوز و اشاعه ظلم و فساد در منطقه بود.

با تغییر روند جنگ به سود ایران رایزنی ها برای میانجی گری و آتش بس میان ایران و عراق آغاز شد. پس از فتح خرمشهر در سال ۱۳۶۱ که برتری ایران را در جنگ ثابت کرد، هیئت های میانجی گری برای نجات رژیم عراق از گرداب جنگ افزون تر شدند با این حال، به گفته دست اندرکاران جنگ، پس از فتح خرمشهر، سخن از صلح به میان نیامد و گروه های میانجی تنها از آتش بس سخن می گفتند.

پس از آزادی خرمشهر نظر امام خمینی (س) این بود که رزمندگان در مرزها توقف کنند و با دشمن بجنگند؛ اما برخی بر آن بودند که برای پربودن دست ایران در مذاکره و قدرت چانه زنی در مذاکرات باید وارد خاک عراق شد از این رو امام خمینی (س) اجازه داد از مناطق غیر مسکونی، نیروها وارد خاک عراق شوند. در مرداد ۱۳۶۱ در عملیات رمضان برای نخستین بار در منطقه کوشک و شلمچه ورود به خاک عراق صورت گرفت امام خمینی (س) در پاسخ مخالفان ادامه جنگ، جمهوری اسلامی را خواهان صلح شرافتمندانه و مدافع از خود شمرد، به ویژه که پس از فتح خرمشهر هنوز ۲۵۰۰ کیلومتر از زمین های کشور ازجمله نفت شهر، مناطق فکه، خسروی و ارتفاعات آق داغ و چاه های نفتی سمیده و بیات و ارتفاعات حمرین در اختیار عراق بود و دشمن نیز می توانست از مرزها شهرهای مرزی را ناامن کند. و تا زمان تصویب قطعنامه ۵۹۸ هیچ راه حل شرافتمندانه ای برای پایان جنگ فراروی ایران وجود نداشت.